Doutorado em Engenharia de Processos Químicos e Bioquímicos em 2017, tendo realizado período sanduíche na University of Liverpool (UK) sob a orientação do Professor Eduardo Falabella Sousa-Aguiar. Em 2018 foi aprovado em concurso para docente do Instituto de Química, tomando posse em 2020. Em sua passagem pela indústria, ocupou o cargo de New Business Development & Biofuel Specialist na multinacional chinesa, Sinochem, sendo responsável por construir e acompanhar tecnicamente um portfólio de projetos de P&D. Esse portfólio gerou diversas inovações, destacando-se o trabalho desenvolvido em parceria com os laboratórios da UFRJ: Laboratório de Biotecnologia Microbiana (LABIM-IQ-UFRJ) que já resultou em três depósitos de privilégio no INPI e uma nova rota para produção de HVO e SAF em parceria com o (LIPCAT-UFRJ). Ambas as iniciativas seguem em desenvolvimento (scale-up) com o objetivo de chegar até a fase de comercialização. O Professor João Monnerat atualmente atua como coordenador do grupo de pesquisa do Laboratório de Intensificação de Processos e Catálise (LIPCAT-UFRJ), desenvolvendo projetos na área de intensificação de processos e catálise com diversos parceiros industriais. Além disso, também atua como vice coordenador do Laboratório de Biotecnologia Microbiana (LABIM-IQ-UFRJ), onde continua atuar nos projetos em parceria com a Sinochem.